整个clannad讲述的是一个在命运的轮回中寻找爱的故事，具体的逻辑顺序是：
渚在小时候生了重病，小镇的心愿救了渚，从此与她联系在了一起，朋也与渚相遇，风子死去，心愿前往幻想世界，遇见了幻想世界的少女。
汐从幻想世界得到生命，出生、渚死去、汐死去。汐选择成为幻想世界的意志以人的形态进入幻想世界，失去了现实世界的记忆，朋也抱着深深的遗憾与未能达成的心愿死去。朋也的心愿进入幻想世界，遇见幻想世界的汐，由于汐是朋也心愿的客体，他不自觉地留了下来，汐给朋也做了身体，两人在幻想世界生活。
朋也要带汐离开幻想世界，汐与幻想世界融合接近完毕，幻想世界冬天来临，汐想起了现实世界的记忆以及自己想要拯救母亲的心愿汐告诉了朋也关于“光”的事情，并让朋也去寻找“光”，汐移动了幻想世界的第四轴，使现实世界的时间回到了朋也与渚相遇的那一天。
朋也失去了在幻想世界的记忆，汐成为了幻想世界的意识，朋也与渚相遇，失去记忆的朋也即将再次重复悲剧，汐拨回了现实世界的时间朋也不断在时间中来回循环
光集齐，小镇的人们恢复了爱，幻想世界繁荣起来，渚生下了汐，小镇的心愿引发了奇迹，救了渚
渚活了下来，汐也不再与幻想世界相连，她已经不是幻想世界中的那个少女了，一家人和小镇一起幸福地生活着。幻想世界的少女来到了当年秋生祈祷产生奇迹的那棵树下，一切都获得了幸福。